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Research themes

 

Projekt C08

 

Theoretische Betrachtung von Bindungs- und Reaktionsvorgängen in Enzymkavitäten

 

Im Rahmen des Teilprojekts soll die Genauigkeit von effizienten Methoden zur Berechnung von Bindungsaffinitäten und Reaktivitäten in Enzymen optimiert werden. Dazu ist geplant ein Opti-mierungsverfahren für eine system-spezifische Anpassung semiempirischer Verfahren im Rahmen von QM/MM Berechnungen zu entwickeln und das im SFB entwickelte implizite Lösungsmittelmodell, HADES, für biomolekulare Anwendungen zu optimieren und etablieren. Diese Arbeiten sollen im Rahmen von Kollaborationsprojekten innerhalb des SFBs stattfinden, in welchen die vorhandenen und neu entwickelten Ansätze zur Aufklärung molekularer Mechanismen eingesetzt werden sollen.

 

Project C08

 

Theoretical Investigations of Binding and Reaction Processes in Enzyme Cavities

 

In this project we will optimize the accuracy of efficient methods for the calculation of binding affinities and reaction mechanisms in enzymatic pockets. For this purpose we plan to establish an optimization procedure for a system-specific parameterization of semiempirical methods in the context of QM/MM approaches and to optimize the HADES implicit solvation model for its general applicability in biomolecular applications. This work will be performed in the context of collaboration projects within the SFB, in which established methods and the new, optimized approaches will be used to elucidate molecular mechanisms in enzymes.